Arrêt maladie pendant les congés payés : ce que change la réforme pour le CSE en 2026

Découvrez ce que la réforme sur l'arrêt maladie pendant les congés payés change concrètement pour le CSE en 2026 : droits des salariés révisés et démarches à anticiper.

5 min de lecture
Swizy — Expert CSE
Arrêt maladie pendant les congés payés : impact de la réforme pour le CSE en 2026

Une décision de la Cour de cassation en 2023, confirmée par une loi du 22 avril 2024, a profondément modifié les règles en matière d’acquisition de congés payés pendant un arrêt maladie. Ce changement majeur du droit du travail français n’est pas sans conséquences pour les CSE : il crée de nouvelles obligations pour les employeurs, engendre des régularisations potentiellement coûteuses, et place les élus dans une position stratégique pour défendre les droits des salariés concernés.

Pour les élus CSE qui découvrent ce sujet ou cherchent à l’approfondir, voici ce qu’il faut comprendre pour exercer son mandat en connaissance de cause.

L'arrêt maladie et les congés payés : le nouveau cadre légal

La loi du 22 avril 2024 a mis le droit français en conformité avec le droit européen en posant deux principes fondamentaux. Premièrement, tout arrêt maladie, quelle qu’en soit l’origine (accident de travail, maladie professionnelle, maladie ordinaire), ouvre désormais des droits à congés payés. Deuxièmement, un salarié en arrêt maladie au moment où son congé était prévu peut le reporter après sa reprise.

Ce qui a changé par rapport au droit antérieur

Avant cette réforme, la règle française était stricte : seul l’arrêt pour accident du travail ou maladie professionnelle ouvrait des droits à congés payés. Un salarié en arrêt pour maladie ordinaire n’acquérait pas de congés payés pendant cette période, contrairement à ce que prévoyait la directive européenne 2003/88/CE sur l’organisation du temps de travail.

Désormais, un salarié en arrêt pour maladie ordinaire acquiert deux jours ouvrables de congé par mois d’absence, contre deux jours et demi pour un arrêt lié à un accident du travail ou à une maladie professionnelle. Cette distinction persiste mais la base commune est établie.

La période de régularisation et ses enjeux

La loi prévoit une période de régularisation pour les arrêts survenus depuis le 1er décembre 2009 (date à partir de laquelle la jurisprudence européenne est opposable en France). Les salariés peuvent réclamer rétroactivement des congés non accordés, dans la limite de la prescription applicable. Pour les employeurs, cela représente un risque financier significatif que le CSE peut utiliser comme levier de négociation.

Bon à savoir : l’employeur a l’obligation d’informer les salariés de retour d’un arrêt de plus d’un an de leurs droits à congés payés acquis pendant leur absence, dans un délai de dix jours suivant la reprise. À défaut, le délai de report est prolongé d’autant. Les élus doivent vérifier que cette obligation est bien respectée.

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Le rôle du CSE face à cette réforme

Informer les salariés de leurs droits

La première mission des élus est l’information. Beaucoup de salariés ignorent encore l’ampleur de ce changement. Le CSE peut diffuser une note explicative via sa newsletter, son panneau d’affichage ou son intranet. Il est également utile d’organiser une permanence dédiée pour accompagner les salariés qui pensent avoir des droits à faire valoir.

Cette communication doit rester factuelle et pédagogique, sans se substituer au conseil juridique que seul un avocat ou un syndicat peut apporter dans les cas complexes.

Veiller à la bonne application par l'employeur

Les élus peuvent inscrire à l’ordre du jour du CSE une question sur les modalités de mise en oeuvre de la réforme par l’employeur. Comment les droits acquis pendant les arrêts sont-ils calculés ? L’information post-arrêt est-elle bien délivrée dans les délais ? Le système informatique RH a-t-il été mis à jour pour intégrer les nouvelles règles d’acquisition ?

Si l’employeur ne peut pas répondre de façon satisfaisante, le CSE peut demander la communication des données correspondantes via la BDESE, et alerter l’inspection du travail en cas de manquement manifeste.

Impact sur les ASC et le règlement intérieur du CSE

Cette réforme n’est pas sans effet sur les activités sociales et culturelles. Si des critères d’accès aux ASC sont liés aux congés (par exemple, des aides réservées aux salariés prenant au moins deux semaines de congé consécutives), le CSE doit vérifier que ces critères ne créent pas une discrimination indirecte envers les salariés qui ont repoussé leurs congés en raison d’un arrêt maladie.

La mise en conformité du règlement intérieur du CSE avec les nouvelles règles est donc une démarche nécessaire. Consultez notre article sur la mise en conformité du règlement intérieur du CSE pour une méthode pratique, et notre guide sur les conditions d’accès non discriminatoires aux ASC pour éviter les écueils.

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FAQ - Questions fréquentes des élus CSE sur la réforme

Un salarié en longue maladie peut-il réclamer des congés payés rétroactivement ?

Oui, dans les limites de la prescription. La loi du 22 avril 2024 ouvre une période transitoire pour les demandes portant sur des arrêts antérieurs à son entrée en vigueur. Le salarié doit agir rapidement : un délai de prescription de deux ans s'applique à compter de l'information par l'employeur, ou à défaut, à compter de la reprise du travail.

L'arrêt maladie interrompt-il les congés payés en cours ?

Oui. Si un salarié tombe malade pendant ses congés payés, il peut désormais demander le report des jours non pris après sa guérison. C'est l'un des apports majeurs de la réforme, qui aligne la France sur les autres pays européens. L'employeur doit alors accepter ce report sous réserve des règles de gestion des plannings.

Le CSE doit-il être consulté sur la mise en oeuvre de cette réforme ?

La réforme étant d'application légale directe, elle ne nécessite pas en principe une consultation préalable du CSE. En revanche, si l'employeur modifie des accords collectifs, le règlement intérieur ou les pratiques RH en réponse à la réforme, le CSE doit être informé et consulté selon les procédures habituelles.

Quels salariés sont les plus concernés par cette réforme ?

Les salariés qui ont connu des arrêts maladie ordinaires répétés ou prolongés entre 2009 et 2024 sont les plus susceptibles d'avoir des droits à régulariser. Le CSE peut encourager ces salariés à vérifier leur compteur de congés payés auprès des ressources humaines et à signaler toute anomalie.

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